شوراهای عالی، کمیسیون‌ها و ستادها شامل 2 زیر مجموعه راهبری و عضویت استو راهبری ها شامل شورای عالی هماهنگی ترابری کشور، شورای عالی فنی امور زيربنايی حمل و نقل، کمیسیون ایمنی راه‌های کشور، شورای ساماندهی مبادی زمينی كشور، کارگروه تخصصی حمل‌ونقل، شریان‌های حیاتی، بلایای جوی و طوفان، شورای ترانزیت و شورای راهبردی توسعه مبتنی بر حمل و نقل همگانی است. همچنین زیر مجموعه عضویت ها شامل کارگروه مکان‌یابی ایستگاه‌های راه‌آهن، شورای راهبردی شهر فرودگاهی، شورای عالی هماهنگ مدیریت بحران کشور، ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز و شورای عالی شهرسازی و معماری ایران است .